新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是一种具有高度传染性和致病性的冠状病毒,是一种有包膜的正链RNA病毒,属于β冠状病毒属,可在细胞质中复制。SARS-CoV-2 与 SARS-CoV 具有 79% 的基因组序列同一性。基因组分析显示,SARS-CoV-2 基因组与蝙蝠Bat-CoV 的基因组具有惊人的相似性。
2020年初,我国科学家从武汉新冠肺炎患者肺泡灌洗液样本中发现了一种新的冠状病毒序列,为原始毒株,被命名为Wuhan-Hu-1。随着疫情的发展,SARS-CoV-2 的新变种正在全球范围内迅速传播,成为全球威胁。变异的出现可能是由于缺失突变(以部分核酸序列丢失为特征)、同义突变(也称为沉默或无义突变,不会引起氨基酸合成变化)或非同义突变(与氨基酸编码的变化有关),病毒突变影响其毒力、传播性和发病机制。在 COVID-19 大流行期间,全球已经记录了许多 SARS-CoV-2 变体,这些变体被分为受关注的变体(VOCs)和感兴趣的变体(VOIs)。
受关注的变体是目前已经流行并在全球范围内产生较大影响的变体,如2020年9月在英国发现了新的变异型B.1.1.7,为Alpha变异型。这种突变型的传染性相较于原始毒株更强,致死率也更高。2020 年年底,在南非首次检测到一个单独的 B.1.351突变SARS-CoV-2 集群,为Beta变异型。这种变异型相比于原始毒株,传播力上升1.5倍,更易产生免疫逃逸,使疫苗效力降低。P.1 是 B.1.1.28 谱系的一个分支,称为Gamma变异型,最早在巴西发现。该变异型传播力上升为原始毒株的2.6倍,对治疗效果有较大的影响。最近,B.1.617 的子系 B.1.617.2(也称为 Delta 变体)正在以更高的速率持续传播,该变异型来源于印度,传播能力极强。
感兴趣的变异是在一些国家相对流行率不断增加,病例数不断增加,有明显的流行病学影响,被确定会导致重大传播的一类变异。包括Lambda在内共计有五种变体,这些变体的基因变化会影响病毒特征,例如传染性、疾病严重程度、免疫逃逸、诊断或治疗逃逸;同时可能会对全世界疫情的传播产生较大影响。
可以预见的是,在不久的将来,病毒的新变种还会不断出现。新变异的出现可能会导致其感染能力、临床演变、预后和疫苗有效性方面的变化。深入了解SARS-CoV-2的变异,有助于采取相关的公共卫生措施;有利于临床的合理治疗和疫苗开发;对疫情的精准防控具有重要的指导意义。
(微生物检验科 严炳清)